办理海运出口退税业务时，尽管税务机关不断优化服务，加大对企业的辅导和提醒，但是在日常申报过程中，纳税人还是会出现这样那样的问题，常见的是申报超期、申报资料不齐全、申报数据录入错误和忽视前期管理造成办理海运出口退税周期漫长四类问题。
一、申报超期问题
具体而言，指纳税人由于申报逾期，导致企业无法办理海运出口退税。
“这类问题常见于新办中小型出口企业。”力争介绍，由于这类企业规模较小，往往是一人多岗（又跑业务又办退税），或者一岗多人（企业办理退税的人员频繁更替），使得负责退税的人员对于税收政策关注不够或理解有误，要么忘记申报，要么认为税务机关受理后审核不通过要求重新申报，就不再有申报期限的限制，最终造成海运出口退税业务申报逾期，企业蒙受损失。
二、申报资料不齐全问题
按照《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第24号）、《国家税务总局关于〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第12号）等文件的要求，对于不同类型的出口退税业务，纳税人要提供不同的申报资料，比如中标机电、对外承包、出口到保税区、代理出口等业务，就有各自不同的要求。但是，部分纳税人由于出口业务较少，而忽略了政策中对于特殊业务的申报要求，造成因申报资料不齐全，而不被税务机关受理的后果。
三、申报数据录入错误
北京市税务局第二税务分局做的一份统计显示，出口退税人申报资料经审核被税务机关不予办理的情形中，约有一半是由于出口退税人录入数据错误造成的，常见的错误有：发票金额录错、报关单离岸价格录错、商品代码录错。部分企业甚至存在同一错误经税务机关告知后反复出现的情形，很大程度上影响了办理海运出口退税业务的速度。
四、忽视前期管理，造成“办理海运出口退税周期”漫长
“办税服务厅的日常工作中，我们时常会遇到部分纳税人在不能顺利办理出口退税申报时情绪急躁，反映‘办理出口退税周期’漫长。”力争说，“但我们通过大数据分析发现，实际上，在企业整个出口退税过程中，在税务机关花费的时间占比很小。”
以北京市税务局第二税务分局所辖二类企业和三类企业为例，二类企业从报关出口到实际办理退库平均时间为2个~3个月，其中税务机关从申报受理到送交国库时间平均约为7天，约占全部时间的7%。三类企业从报关出口到实际办理退库平均时间为4个~6个月，其中税务机关从申报受理到送交国库时间平均约为12天，约占全部时间的8%。
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