拼箱货比整箱货的海运出口手续更复杂，花费的时间更长
其一，整箱货正好符合海运出口时的海关查验、封关、放行的最小单位，一批货物，只要出口人和进口人提交的单据合理合法并且完整无缺，且集装箱海运出口的相关手续和征收相关税费以后，均会很快予以通关放行。而拼箱货就不会有这么简单和快捷。只要集装箱里的货物有一票货物的单证出了纰漏，出口海关就不会对该货物放行。因为出口海关必须对出关的集装箱做好关封以后才允许载货集装箱出境。因此，同一个集装箱里，任何一家货物不通关，势必影响其它货物的及时出口和运输。
其二，拼箱货物远不如整箱货物的货源广泛和灵活性，它需要运输公司额外招揽并合理搭配一些装运港、目的港、交货期、货物的品种、体积、重量等各方面的条件都很适宜配进同一个集装箱的出口货物。这些要求做起来难度很大，需要的时间也比较长。如果负责集装箱海运出口业务的运输公司经营能力不强，那么，货物运输的时间还会拖延得更长。
其三，在一般情况下，整箱货物可以直接在内地口岸装运，而拼箱货物因为内地货源相对较少，沿海货源相对较多的因素，只适合在发达的沿海口岸交货。这无疑又会给出口人增添许多额外的麻烦。按照我国政府的有关规定，集装箱海运出口的货物必须通过生产所在地和出口报关所在地的商检局检验。如果货物在生产所在地的省(自治区、直辖市)所辖范围内的本地报关出口，则一批货物只需办理一次商检就可以了。否则，如系异地报关，一批法定检验的出口商品，必须经过两处检验，海关才会予以放行。
拼箱货比整箱货的费用更高
在通常情况下，集装箱海运出口业务中整箱货运输的运杂费用一般包括运费、运输附加费和港杂费三项。拼箱货与整箱货的运费及运输附加费应该是一样的，其费用的差别只在于运输货物在装运港的拼装以及在目的港的拆箱等项费用上。
按理，这两笔费用也不应该很高，但是，由于世界各国、各地区之间的劳务费用水平千差万别，而出口人对于那些具体的差别又知之甚少，甚至完全不知，本来拼箱货比整箱货的运杂费用，在整体一致的基础上再加上一定比例的拼箱、拆箱费和存仓费用就很合理了，但承运人为了赚取更高的利润，往往运用“模糊学”的手段，在报价里并不具体列明什么项目收费多少，而只是笼统地按那个种类的商品运到哪个目的港按每个运费吨收多少，港杂费则更是临时随口报出，并且说多少就是多少，承运人根本没有解释的义务，托运人更没有讨价还价的余地，收费多少视具体情况而定。
另外，进行集装箱海运出口业务时还应该看到，进出口商品贸易，每一笔交易数量和总值越大，交易成本就越低，反之，数量和总值越小，交易成本就越高。
由此来看，在集装箱海运出口业务中与整箱货比较，拼箱货的数量和总值一般都比较小，因此，从这一角度去核算，拼箱货的交易成本肯定要比整箱货高。这是因为，成交货样的成本和邮寄费，传真、电话等通信费用，信用证的通知费、进出口货物的报关费、产地证的办证费等，都是按份数而不是按该笔生意金额的大小来收取的。这些集装箱海运出口业务费用最终分摊到交易成本中时，交易量大的单位成本所分摊的份额就小，交易量小的单位成本所分摊的份额就大，我们对此应该做到胸中有数。
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