一、进出口申报及流程
根据日本《海关法》规定，一般情况下，应将进出口货物运入保税区域（注1）后，再向海关申报。海关接到进口申报后，进行单证审查和必要的货物查验，有税货物原则上待企业缴纳关税等税金后,海关予以放行,企业方能提货。（通关流程请见附件7、附件1、附件5）但也存在例外规定，其简要情况如下：
进口
(一)可不进入保税区域条件：
1.散装货物等可不运入保税区域；
2.蔬菜、鱼类等需快速运走的航空货物；
3.风险管理认可的“特例企业”。
(二)可先提货条件：根据规定，具备以下条件，向关长提出关税担保并获得关长同意后，可先提货。
1.贵重品、危险品、有变质、损坏可能的货物；
2.因参加展览会受时间限制的货物；
3.因适用特惠税率待交原产地证书的货物；
4.合同规定卸货后需核实数量，申报时数量还未确定的货物。
(三)先放行，后纳税条件：（通关流程请见附件4）
符合特例申报制度规定的，可先放行，后纳税。适用特例申报制度的对象主要是通过了安全性管理和遵纪守法风险控制机制并经关长批准的“特例进口者”，目的是减少进口者成本，提高便利性。
(四)预审制的适用：
预审制是货物到达之前或食品进口检验检疫未完结前，先向海关申报，海关预先进行单证审核、确定是否查验货物的制度。因此，企业可视情况提前进行“预申报”，达到海关手续和其它法律规定的手续同时办理，节省时间的目的。如货船进港滞后，无法按约定时间将货物运入保税区域，处于等待状态时，也可先向海关申报，待货物运入保税区域后就能很快获准放行、提货。(通关流程请见附件3、附件2)
出口
根据特定出口申报制度，通过了安全性管理和遵纪守法风险控制机制并经关长批准的“特定出口者”，可直接向货物存放地（包括本工厂的仓库）或货物将要出口（包括运送途中）的海港、空港所在海关关长申请，获得批准后，货物可不运入保税区域便予以放行。根据日本《海关法》规定，出口货物无税，出口流程相对简单。(出口货物流程请见附件6)
二、申报的主体
根据日本《关税法》规定，进口申报可由货物的进口人进行，也可委托经海关批准的通关业者(相当于报关行)办理,日本的通关业者可以是法人，也可以是个人。同时，日本《通关业法》也规定，通关业者的主要业务是接受委托，代理办理向海关申报等通关手续；代理交纳进出货物各种税费等；代理办理关税的更正、退还申请、关税的减免等手续；代理提出行政申诉和复议等。目前，企业为节省时间、减轻雇用专业人员成本、提高效率，多委托通关业者向海关申报，办理通关手续。
三、日本的电子通关信息处理系统—NACCS
日本的通关电子化首先是从航空货物进口业务开始的。根据1977年5月通过的《关于航空运输货物通关手续特例等的法律》及其相关政令，同年7月日本政府和民间企业共同出资设立了航空货物通关信息处理中心，1978年8月该中心启用了航空货物通关信息处理系统（Air-NACCS: Air Nippon Automated Cargo Clearance System），处理航空进口货物通关手续及相关民间业务，1985年该系统开始受理出口航空货物其他相关业务。1991年该中心又启动了海运货物通关信息处理系统（Sea-NACCS），1999年后，日本所有海港和空港均可使用此系统，2008年10月，Sea-NACCS又和办理港口手续的国土交通省的EDI整合，建成了进出口港湾相关信息处理系统（NACCS），2010年2月，Air-NACCS 和Sea-NACCS进行整合，形成了综合统一的NACCS系统，并与处理贸易管理手续的经产省贸易管理系统合为一体。
NACCS中心的有关业务既包括海关通关手续等电子政务部分，又包括通关过程中货物物流信息管理等电子商务部分。即货物进出口报关、审查、装卸、保税运输、缴纳关税以及海关进出许可通知等所有通关手续都可通过NACCS进行处理。据了解，截至2013年9月止，日本进出口货物中，约98%是通过NACCS进行电子申报的。
NACCS中心与主要的进出口企业之间架设专线，系统主机与用户计算机专线直接连接。对货物处理量较小的中小企业，系统还保留了通过因特网使用电子邮件方式（net NACCS）进行通关手续的方式，虽然通关时间上长于专线，但成本费用较低，满足了不同使用者的要求。
四、日本的无纸通关
2013年10月13日起，通关时须向海关提交的单证可用PDF等电子文件方式，通过“NACCS”系统传输至海关，标志着日本海关无纸通关的开始。企业通关既可选择通过“NACCS”系统提交通关电子单证，也可直接向海关提交纸质单证。海关对通关电子单证审核后，认为无需核查纸质单证时进行电子单证放行。但还需查证原件或核实数量等情况时，企业应在电子单证放行后3日内向海关提交或出示单证原件。
无纸通关推进目标：
一是变通关纸质单证为PDF等文件形式向海关提交，加快通关单证的无纸化；
二是强化“NACCS”系统与贸易手续相关的国际物流信息情报平台功能，推进民营企业间贸易交易的电子化，即与“NACCS连接。
无纸通关实施进度：
2013年度“NACCS”系统更新时减少纸质通关单证、促进在“NACCS”系统的电子发票业务发展（包括向企业等推销、实施发票业务程序变更等）；用PDF等文件方式传输通关相关单证。
2017年度 “NACCS” 升级时达到推进其他法令手续等的电子化；民营企业间贸易交易的电子化，即与“NACCS连接（包括海运单、保险金明细等）；无纸通关手续的规范化。
由于日本的无纸通关从2013年10月才开始，无纸通关率相关信息暂无。
五、报关单格式请见附件8-13
注1：保税区域指指定保税区、保税仓库、保税工厂、保税展场、综合保税区五类，涵盖海关一般监管区域和特殊监管区域。依据《关税法》第一节。
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