在全国海关通关一体化改革之前，很多报关企业为了及时为其代理的进出口企业办理通关手续，都会在相应海关的各业务现场设立分支机构。报关企业不仅要派遣工作人员和交通车辆，还要负担租用办公室的成本。而全国 通关一体化之后，企业不但不需要在海关各业务现场设置分支机构，而且申报的范围也得要更广阔的延伸。
目前，虽然企业充分享受到全国通关一体化的改革红利，但目前仍困扰企业的难点就是海关查验货物。
南京某公司进口的一批设备抵达了上海洋山港，于是委托南京报关公司以通关一体化模式申报进口，但此货物被税管中心布控，由上海洋山港海关查验货物，于是南京报关公司派员赴上海洋山港协助查验。查验关员对该批设备的商品归类提出质疑，由于报关公司的报关员无法做出合理解释，于是该公司派工程师与报关公司再赴洋山海关查验现场，就海关查验人员的归类疑问予以现场答复，并妥善解决。从南京到洋山港大约 3 80公里的路程，企业往返奔跑不仅增加人员、时间、路程成本，而且还有路途中的安全问题。
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