RCEP的争端解决机制，适用于缔约方之间，主要包括五个阶段。CPTPP规定国家争端解决机制共23条，涉及争端解决、国内程序与私人商事争议解决两个小节。其中，争端解决包括九个阶段。总体来说，CPTPP与RCEP在争端解决方面的设置基本一致。
RCEP第十九章对于争端解决机制，从RCEP专家组设立、召集、听证会、程序、专家组报告以及执行等各方面进行了明确约定。RCEP争端解决机制适用于缔约方之间与RCEP解释和适用相关的争端解决以及一缔约方认为另一缔约方的措施与RCEP项下的义务不相符或者另一缔约方未履行本协定项下的义务。值得注意的是，RCEP的争端解决机制，适用于缔约方之间，比如日本和韩国之间；对于一缔约方和另一缔约方的企业、个人之间的争端，并不适用，也就是说，如果一家泰国水果生产公司认为新西兰的某项政策不符合RCEP的相关规定，此争端不适用RCEP的争端解决机制。
RCEP争端解决机制，主要包括五个阶段。
第1阶段
磋商
一缔约方可以提出磋商，磋商请求应当说明提出请求的理由，包括确认争议措施，并且指出起诉的事实和法律基础。另一缔约方应在7日内答复。在紧急情况下，包括涉及易腐货物的情况，应该提出磋商请求之日后15天内进行磋商，其他情况下，30天内进行磋商。
第2阶段
申请成立专家组
如果被诉方没有对磋商请求作出答复、没有进行磋商或者磋商未能在期限内解决争端，起诉方可以通报被诉方，请求设立专家组。
第3阶段
成立专家组
若起诉方申请成立专家组，专家组应按照RCEP规定的程序设立；专家组一般由3名专家组成。在紧急情况下，专家组应在90天内发布中期报告；一般情况下，120天内发布中期报告。中期报告发出之日起30天内，专家组应向争端各方发布最终报告。专家组应当以协商一致方式作出裁定和决定，如专家组不能取得一致，可以多数投票的方式作出裁定和决定，如果没有对未协商一致的事项提出不同意见，单独意见专家组的裁定和决定为终裁，不能上诉，且对各方具有约束力。
第4阶段
最终报告的执行
第5阶段
执行审查
如争端各方对最终报告的执行涉及的义务或措施存在分歧，应当通过重新召集的专家组，也称“执行审查专家组”解决争端。
CPTPP协定第28章中规定国家争端解决机制共23条，涉及争端解决、国内程序与私人商事争议解决两个小节。其中，争端解决包括9个阶段。总体来说，CPTPP与RCEP在争端解决方面的设置基本一致。
另外，CPTPP还阐明了国内程序与私人商事争议解决。首先，CPTPP对缔约方的国内法司法管辖权作出了限定。任何缔约方不得以另一缔约方未能履行义务或履行的措施与义务不符为由，在其国内法项下各规定起诉其他缔约方。其次，面对自贸区内私人当事人之间的国际商事争议，CPTPP鼓励缔约国应在最大可能限度内使用仲裁和其他替代性争议解决办法。
2019年8月，亚太经合组织（APEC）经济委员会审议通过了《APEC跨境电商（B2B）在线争端解决合作框架》，鼓励通过在线谈判、调解、仲裁非诉解纷方式帮助中小微企业解决跨境电商纠纷。2021年我国推出北明（跨境）商事争议在线解决平台，实现异步调解、背靠背调解，并提供视频调解、文书智能生成、在线签署等多项功能；调解不成，企业还能在线申请仲裁，平台支持仲裁文书的智能生成、裁决书的在线送达，进一步推动争议的实质性化解。这类平台与机制可为RCEP、CPTPP电商争端解决所借鉴及利用。
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